Free Standards Group là một tổ chức được thành lập bởi các nhà cung cấp phần mềm và phần cứng lớn nhằm cải thiện khả năng tương tác giữa các phân phối khác nhau. Trong số các tiêu chuẩn đề xuất của họ là Linux Standard Base, trong đó xác định một hệ thống ABI và đóng gói chung cho Linux, và Filesystem Hierarchy Standard đề xuất một biểu đồ đặt tên file tiêu chuẩn, đặc biệt là tên thư mục cơ bản được tìm thấy trên thư mục gốc của cây thư mục của bất kỳ hệ thống tập tin Linux. Tuy nhiên các tiêu chuẩn này bị hạn chế sử dụng, ngay cả trong các bản phân phối phát triển bởi các thành viên của tổ chức.[citation needed]

Sự đa dạng của các bản phân phối Linux có nghĩa là không phải tất cả các phần mềm chạy trên tất cả các bản phân phối, phụ thuộc vào các thư viện và các thuộc tính hệ thống khác được yêu cầu. Đóng gói phần mềm và kho phần mềm thường cụ thể cho từng phân phối riêng, mặc dù có thể cài đặt chéo trên các phân phối có liên quan chặt chẽ với nhau.[citation needed]